由于尖锐湿疣的激光治疗带来的诸如复发、疤痕、性功能障碍等一系列不良后果，激光等物理疗法正在慢慢被临床摒弃，取而代之的是能够针对发作期病毒和潜伏期病毒有双向杀灭作用的抗原基因重组疗法，除此之外，该疗法的另一突出优势是不留疤痕、不改变皮肤颜色，以及完全不影响性生活等，尖锐湿疣治疗进入了后激光时代。
彻底杀灭潜伏期病毒
与激光等物理疗法不同，抗原基因重组疗法除能杀灭发作期病毒外，还能对潜伏期病毒进行彻底而全面的杀灭，而潜伏期病毒的持续存在是导致尖锐湿疣反复复发的最根本原因。普通激光疗法只能清除肉眼可见的疣体，而无法作用于潜伏期病毒。普通疗法中对潜伏期病毒只能通过抗病毒疗法抑制其活性，但是由于缺乏尖锐湿疣特异性药物，因此效果并不理想。
不留疤痕，不伤害色素细胞
由于抗原基因重组疗法完全采用内治疗法，以激活的自身抗体对病毒进行全面杀灭，因此采用抗原基因重组疗法治疗的尖锐湿疣，疣体自动脱落后患处与周围皮肤无论颜色、纹理都是一致的。而采用过激光治疗的患处，颜色比周围皮肤更加鲜嫩，虽然外表并不一定留下肉眼能见的疤痕，但是在对疣体的灼烧过程中，难免伤及正常细胞，这些细胞在修复过程中则难免留下疤痕，尤其对于宫颈尖锐湿疣患者，则有可能因此造成不孕。
查体无感染痕迹
凡是感染过尖锐湿疣的患者，即使治愈后，在以后的体检中，凡是经激光治疗过的患处以及周围感染过尖锐湿疣病毒的皮肤，经专业检查仍能看出痕迹，这给患者的隐私带来极大的隐患。这是因为潜伏的病毒虽然经治疗后不再发作，但仍然有一定的活性，因此检查中仍然出现阳性体征。另外，有些患者经激光治疗后会在体表以及体表以下形成肉眼可见，或触及可见的疤痕，对性生活有一定的影响。
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